Paul MacLean è stato l’antesignano della teoria dei tre cervelli, oramai dimostrata. Il cervello viene visto nei suoi tre sistemi principali: il cervello Rettiliano (tronco dell'encefalo), il cervello Mammifero (sistema limbico) e la Logica (neocorteccia). Il modello della struttura e dell'evoluzione dell'encefalo, é descritto quindi come triune brain ("cervello uno e trino"), perché sono individuate tre formazioni anatomiche e funzionali principali che si sono sovrapposte e integrate nel corso dell'evoluzione. A queste tre formazioni egli ha dato i nomi di cervello rettiliano (protorettiliano, R-complex), mammaliano antico (paleo-mammaliano, sistema limbico) e mammaliano recente (neomamma-liano). 
Tale suddivisione è chiaramente una semplificazione in quanto piccoli centri nervosi riferibili al sistema limbico o al neomamma-liano possono essere trovati, come "primordi", nei rettili).
 
Il cervello rettiliano, il più antico, è la sede degli istinti primari, delle funzioni corporee autonome, del territorio, della conquista e della difesa, dei comportamenti che riguardano l'accoppiamento, la risposta attacco-fuga, ed anche quelli che avvengono in un gruppo e che formano le gerarchie sociali. I rettili, creature a sangue freddo, hanno solo questa parte; negli esseri umani (che conservano le stratificazioni dell’evoluzione) quest'istanza può esser considerata la parte animale e più arcaica, a contatto con gli istinti primordiali e le reazioni autonome di fuga ed attacco, ma anche di quelle più complesse come la competizione, in totale assenza di coscienza morale. RETTILIANO: cobra, predatore, rapido, funziona con eros, aggressivo, autoriferito, amore erotico edonista. rettiliana: corpo, respiro, sensazioni, contrazioni, fisicità dell’esperienza, il cuore che batte, caldo/freddo.
 
LIVELLI del RETTILE
1°- territorialità, possesso, aggressività (problemi di cibo, di digestione)
2°- sessualità e sopravvivenza che servono alla specie (problemi di competizione, timidezza, paura di combattere)
3°- mappe del territorio rigide con comportamenti stereotipati e ritualistici (traumi)àApprendere ad uscire dalle cose che la gente considera sicure. Il disorientamento è tipico di questa situazione patologica del rettile.
4°- sopravvivenza da attacco del predatore (impotenza, rassegnazione, programma di morte).

 Il sistema limbico (mammifero) è l'evoluzione della parte rettiliana che rappresenta un progresso del sistema nervoso, aumentando le capacità di affrontare l'ambiente. Parti di esso sono correlate al nutrimento, altre ai sentimenti e alle emozioni, altre ancora collegano i messaggi esterni con quelli endogeni (sostanze prodotte dal nostro corpo). Essendo la sede delle emozioni è quella parte di cervello che ci permette anche di prenderci cura; non a caso i mammiferi sono gli unici animali che si prendono cura della prole, che si proteggono nel branco con la vicinanza ecc. Questo cervello può essere considerato la nostra parte più calda, quella parte che si emoziona di fronte alle cose, la nostra parte bambina, IL CUORE. Con questo cervello si è sviluppato il senso di attaccamento (teoria che è alla base della psicoterapia moderna), che permette la sopravvivenza anche fisica degli esseri viventi attraverso il legame affettivo-emotivo e la coesione sociale. EMOZIONALE: bimbo, cucciolo, mammifero, affettiva, materna, amore compassionevole, agape, eteroriferita limbico-ipotalamico: che emozione sperimento quando presto attenzione a questa immagine o questo oggetto (tristezza, paura rabbia, gioia, piacere, timore, fastidio, disgusto e tutte le sfumature).

La neocorteccia (più recente) è quella parte del cervello che è sede del linguaggio, e di quei comportamenti basati sul problem solving che ci permettono di affrontare situazioni nuove e di prevedere il futuro: le funzioni cognitive e razionali; crea le connessioni tra i fenomeni che ci accadono determinandone delle cause in funzione delle conoscenze soggettive; quest'istanza può esser considerata come la nostra parte adulta, quella che dovrebbe comprendere e filtrare gli altri due cervelli per decidere.  Riassumendo racchiude tutte le funzioni cognitive e razionali. MENTALE: razionale, fredda, tende alla distanza, arrogante, convinta di sapere, stanca perché si prende la responsabilità. Amore idealizzante (filia). Neopalio-corteccia: immagini, pensieri, ricordi, associazioni, cognitivo
 
A causa delle nostre esperienze passate, spesso i tre cervelli non sono in equilibrio.Queste tre istanze, si possono considerare unite ed al tempo stesso separate tra di loro, ma nell’essere umano l’insieme è più della somma delle parti; ed è quindi grazie alla scoperta del lobo frontale, della capacità di acquisire nuovi comportamenti e nuove esperienze (la coscienza), gran parte del lavoro in psicoterapia è incentrato, tramite il lavoro esperienziale, sulla consapevolezza e conseguente armonizzazione delle parti inespresse o ipertrofiche. Esiste infatti una quarta istanza, La Coscienza, che  ha il difficile ruolo di essere madre e padre dell’organismo e di assumersi la responsabilità, di proteggere e dare direzione.
COSCIENZA  LOBO FRONTALE, PiU' RECENTE, è L’IO (amore autentico) che diventa madre e padre di se stesso.

Gran parte del lavoro in terapia si orienta verso l'armonia della persona, sbloccando quelle energie che non vengono espresse o ascoltate per nutrire e lasciare libera espressione al Vero Sè. Viene promossa la coscienza che indirizza la volontà verso un'azione consapevole. 
 
I tre cervelli